Wie es das NÖ Stadtrechtsorganisationsgesetz vorsieht, sind in der Stadt St. Pölten zur Erfüllung ihrer Aufgaben vier Organe eingerichtet.
Das oberste Organ ist der Gemeinderat, der von den wahlberechtigten Stadtbürgern auf die Dauer von fünf Jahren gewählt wird.
Die 42 Gemeinderatsmitglieder wählen aus ihrer Mitte den Ersten und den Zweiten Vizebürgermeister sowie elf Stadträte, die zusammen den Stadtsenat bilden.
Weiters wählt der Gemeinderat aus seiner Mitte den Bürgermeister. Dieser führt den Vorsitz im Stadtsenat, ist jedoch kein Mitglied dieses Gremiums. Der Bürgermeister steht an der Spitze der Gemeindeverwaltung und vertritt die Stadt nach außen hin. Er vollzieht die Beschlüsse des Gemeinderates und des Stadtsenates.
Der Magistrat besteht aus der Magistratsdirektion, sechs Stabsabteilungen, fünf Fachbereichen und dem Stadtrechnungshof. Der Magistrat wird vom Magistratsdirektor geleitet. Vorstand des Magistrates ist der Bürgermeister.